Příběh Ninja Gaiden 3 nás zavede do samotného Hajabusova života a jeho stylu, osudů, pocitů a myšlenek samotných. Třetí díl série přidá radikálně na brutalitě, aby si hráči co nejvíce uvědomili, jaké to je někoho opravdu zabít a jaké násilí skutečně je. Hra přinese nejen mnoho vizuálních efektů, krve, ale také radikální obtížnost v hratelnosti, opravdovou výzvu pro hard-core hráče.