V novém příběhu se opět posuneme o nepatrný kousek do budoucnosti, tentokrát je vše zasazeno do roku 2006. Hlavním hrdinou zůstává pochopitelně agent Sam Fisher, pracující pro organizaci Third Echelon, svéráznou součást americké Národní bezpečnostní agentury (NSA). Zatímco v jedničce se středem pozornosti stala Gruzie a její prezident, tentokrát se příběh odehrává v Indonésii a rovněž na území východního Timoru, který si ve hře právě vybojoval svoji nezávislost.
Hratelnost je vesměs stejná, až na to, že tentokrát jsou více začleněni NPC a oblasti, kde jednotlivé mise probíhají, jsou větší a navíc i rozmanitější. Jedna z nových misí je dokonce čtyřikrát větší než ta největší z původní hry. Kromě toho byste měli mít mnohem volnější pole působnosti pokud jde o řešení herních situací. Samozřejmě, že vylepšení se dočkala i umělá inteligence. Další novinou je trojitý stupeň výstrahy. V původní hře jste udělali jen jednu chybu a skončili jste. V Pandora Tomorrow dostanete šanci, váš postup se však každým uklouznutím bude značně komplikovat. Když uděláte první chybný krok, například někde necháte mrtvé tělo a někdo ho najde, docílíte větší obezřetnosti nepřátel. Při druhém podobném případu už budete mít větší problémy a třetí vyvolá už pořádný povyk. Další novinky zahrnují možnost použití laserového zaměřovače pro lepší přesnost střelby, na druhou stranu vás jeho paprsek může při nešikovném použití prozradit. Nepřátelé navíc zajímají v určitých situacích rukojmí. V novém multiplayerovém módu se spolu utkají dvě naprosto rozdílné skupiny - tajní agenti, jejichž taktika spočívá ve velmi opatrném postupu a žoldáci, kteří jsou naopak vybaveni těžkými zbraněmi. Úkolem je zabránit agentům ve splnění jejich cíle. Rovnováha mezi těmito dvěma třídami je rafinovaná. S agenty budete hrou procházet v third-person perspektivě, a se žoldáky ve first-person perspektivě. A aby nebyli žoldáci tak bezradní, až se okolo nich budou ve tmě tajemní agenti plížit, vybavili je tvůrci například detektorem pohybu. Maximálně se multiplayerové hry můžou zúčastnit čtyři hráči, kteří se libovolně rozdělí mezi zmíněné třídy. Svou významnou roli zde sehraje audio-kominikace a možnost odposlouchávat nepřítele například prostřednictvím laserově naváděných mikrofonů, apod.