Před dávnými časy byly města Bluebell a Konohana přátelskými sousedy, navzájem spojené tunelem pod horou, která rozděluje města. Časem začaly mezi městy vznikat třenice ohledně toho, které města má nejlepší kuchyni. Jak se lidé stávali více a více rozdělenými, bohyně Harvest byla s nimi čím dál tím nespokojenější. Jednoho dne nakonec dupla na zem a zasypala tunel mezi městy, čímž je od sebe oddělila. Nyní je jediné spojení, které mají města mezi sebou, festival vaření, kde je kulinářský konflikt pokračuje čtyřikrát do roka.
Vy jako nový zemědělec toužíte začít nový život v jednom z měst, ale nehoda na silnici způsobila, že jste zapomněli, ve kterém městě jste původně chtěli žít! Poslechněte si příběh každého starosty, zjistěte více o každém městě a pak se rozhodněte, kde chcete začít nový život.

Harvest Moon 3D: The Tale of Two Towns obsahuje klasickou Harvest Moon RPG simulaci života, kterou fanoušci tak milují.

Specifické Nintendo 3DS vlastnosti jako mini hry mazlení se se zvířaty, možnost sdílet předměty a plodiny s ostatními hráči pomocí bezdrátové funkcionality StreetPass a nastavitelná 3D grafika. Zcela nové obsazení postav.

Vyberte si mezi městy Konohana (japonský styl, specializující se na poľnoshopodárstvo) a Bluebell (evropský styl, které se specializuje na chov zvířat).

Nové zvířata jako alpaky a včely. Sova jako domácí zvíře, která Vám pomáhá létat mezi městy.

Vyberte si ze dvou různých míst, každé s vlastními obchody, obyvateli a festivaly, s přidanou možností přestěhovat se do druhého města.

Vyberte si, zda chcete hrát jako kluk nebo holka.

Pěstujte plodiny, chovejte dobytek, najděte si partnera a založte rodinu.
Navštivte pole svých přátel pomocí lokálního bezdrátového připojení, nebo pomocí Nintendo Wi-Fi Connection.

Další aktivity, jako možnost dopravovat předměty koňským povozem, festivalové soutěže, nebo těžba a rybolov.