Skupina elitních a bohatých vědců, společně s předními umělci, filozofy či sportovci světa, se rozhodne vybudovat tajné podmořské město Rapture, aby tam mohli v klidu žít a bádat, aniž by je ovlivňovaly různé vlády nebo se museli starat o peníze či sociální jistoty. Cílem této komunity je soustředit se na svou výjimečnost, namísto mrhání energie nevděčným masám. Tam, hluboko pod oceánem, začnou provádět genetické experimenty, aby se ještě vylepšili a prodloužili délku svého života. Revolučním objevem původem z vodních kreatur se stane tzv. ADAM, zázračný všelék na jakékoli nemoci a ideální nástroj k sebezdokonalení mentálních i fyzických vlastností, který zastíní peníze či jídlo. Ale jak už to tak bývá, vymkne se jim z rukou a rozpoutá se válka mezi dvěma nejchytřejšími vědci, Ryanem a Fontaine. Jeden z nich zvítězí, ale cenu za to zaplatí všechny lidské bytosti v této utopické vizi, nyní ovládané vojáky a roboty. Vy - coby obyčejný člověk neboli pasažér z letadla spadlého do moře - se po prodrání mrtvými těly a doplavání k majestátnímu majáku ocitnete v jejím středu, odkud už není návratu. Nikdo vás nepovede za ručičku a nespatříte tady žádné intro, vše musíte jako v System Shocku 2 pochopit sami z útržkovitých záznamů nebo pozůstatků idealistického města postaveného v 60. letech minulého století. Dojde přitom na klasickou střílečku, řešení logických hádanek, koukání bezpečnostními kamerami (díky tzv. Security Beacon demobilizujete létající drony) a kradmé plížení se ala Thief, na němž se mimochodem část vývojářů podílela. Každá situace má jít vyřešit více způsoby a při opakovaném hraním bude možné postupovat jinou cestou.